Juanito Elorduy recordó que había dejado guardadas en casa de sus abuelos una caja con veinticinco de las equipaciones que trajo de Inglaterra. El Athletic Club ya competía por defecto en las primeras ediciones de la máxima competición nacional, el Campeonato de España (hoy conocido como Copa del Rey), siendo inviable que lo hiciera por partida doble (con su equipo madrileño y con su equipo bilbaíno, pues la entidad era sólo una). Dicho esto, su condición de sucursal era peculiar, pues los madrileños contaban con una junta directiva propia y diferenciada de la de los bilbaínos desde el momento de su constitución (lo cual asemejaría al equipo madrileño, jurídicamente, más bien a una filial societaria y/o deportiva). Entonces, el directivo del Athletic madrileño, Manuel Rodríguez Arzuaga, le dijo lo siguiente: “Cuando vuelvas a Madrid después de Reyes te las traes, que yo las pago todas”. En 1991, al convertirse en Sociedad Anónima Deportiva, el empresario jerezano José María Ruiz-Mateos compró la mayor parte de las acciones y se convirtió en presidente del club, en tiempos de crisis económica.
Su nombre hace clara alusión al escritor vallisoletano José Zorrilla, que da su nombre al Estadio. Entre los cambios variaría los colores del club y el nombre del equipo de baloncesto. De esta forma, fue habitual que en las primeras ediciones disputadas por los vascos se alinearan jugadores de la sucursal de Madrid (así, la Copa de 1904, vencida por el club bilbaíno, contó con más jugadores convocados del equipo madrileño que del bilbaíno). A pesar de ello, y a diferencia de lo que sucedería con el Athletic bilbaíno, el color azul seguiría estando vinculado al club madrileño, luciéndolo en sus pantalones de forma definitiva desde 1921 para diferenciarse del conjunto vasco. A finales del año 1909, Juan Elorduy, uno de los jugadores del Athletic madrileño, hizo un viaje a Inglaterra, entre otras cuestiones, equipacion atletico de madrid para aprovisionar a los dos equipos de camisetas blanquiazules del Blackburn Rovers Football Club. El cambio en el color de la camiseta también acabó motivando que ambos clubes, vizcaíno y madrileño, modificaran en consonancia sus hasta entonces blanquiazules escudos. El 1 de enero de 1911, el Athletic Club de Madrid disputó un partido amistoso ante el Athletic Club de Bilbao que acabó con empate a dos en el campo de Lamiako vizcaíno.
El Athletic de Madrid estrenaría por primera vez en competición estos nuevos colores el 22 de enero de 1911, en la segunda edición de la Copa Rodríguez Arzuaga, ante la Real Sociedad Gimnástica Española. En 1912 asumió la presidencia el exjugador Julián Ruete (quien eventualmente también ejercería como entrenador), dándose los últimos pasos para la desvinculación con el Athletic vasco aprovechando que el fútbol español se estructuró federativamente en primer lugar con la creación de la Federación Española de Fútbol el 29 de septiembre de 1913 y en segundo, con la creación de la Federación Regional Centro el 20 de octubre de 1913. Julián Ruete y Manuel Gómez, secretario del club, tomaron la decisión de modificar los estatutos de la sociedad, ya que era un requisito indispensable e inscribieron al club como sociedad independiente en el organismo federativo de la región centro. El tejido era de lona, con cordones y sin cuello. Durante la cena de hermanamiento posterior al partido entre los dos equipos, los jugadores del conjunto madrileño preguntaron a los jugadores del equipo vasco si disponían de más camisetas rojiblancas. Tras llegar de viaje, Elorduy le entregó al Athletic Club de Bilbao veinticinco camisetas y guardó la otra mitad en casa de sus abuelos.
En cuanto a la vestimenta, al igual que en Bilbao, sería camisa arlequinada, mitad blanca y mitad azul, y pantalón azul; como la del Blackburn Rovers Football Club de Inglaterra. Mientras, el Athletic seguía creciendo como club. Parte de la afición rojiblanca no estaba a gusto con Jupp Heynckes, ya que este hizo varios comentarios que molestaron a la masa rojiblanca, como, por ejemplo, «el Athletic Club es como un Volkswagen, pero están en una carrera de Fórmula 1» o «es un lujo para el Athletic tener un entrenador como yo», refiriéndose a la filosofía que el club tiene de fichar solo jugadores de la tierra. Mientras tanto, causaron alta algunos jugadores como Javi Venta, Muñoz Mustafá, David Bermudo, Manel Menéndez, Iván Ania, Xisco Muñoz o Esteban Fuertes, a la par que tomaron protagonismo los canteranos Vitolo Añino y Acorán Barrera. Además, se incorpora definitivamente como uniforme el azulgrana del Gimnástico FC, relegando el blanquinegro del Levante FC a la segunda equipación. Además, se ha proclamado tricampeón de la Supercopa de Europa y campeón en 1974 de la Copa Intercontinental, siendo por ello uno de los clubes reconocidos por la FIFA como campeones del mundo. Además, anunció «la gran sorpresa de la temporada» para el 26 de abril de 2023, «un día muy señalado para todos los atléticos» ya que el club cumple 120 años.