Además de sus filiales, el Rayo cuenta con equipos de fútbol base que completan sus categorías inferiores. El club tiene un amplio Fútbol base que abarca todas las edades. Si bien durante los inicios del club se utilizó un escudo con una sola estrella, con el paso de las décadas, este diseño también se comenzó a aplicar en los escudos institucionales, los cuales comenzaron a contar con las once estrellas.
