La eliminación de la Champions en fase de grupos ante rivales muy débiles y la lejanía de los objetivos en Liga forzó la destitución de Nuno como entrenador y máximo responsable del área deportiva, y principal señalado por la afición. La temporada 2012/13 comenzó con la clasificación del Levante a la fase de grupos de la Europa League tras vencer en la previa al conjunto escocés Motherwell. A pesar del buen inicio de los chés, el conjunto sevillano se adelantó en el marcador tras un tanto de cabeza de Loren segundos antes del descanso y un espectacular gol olímpico de Joaquín nueve minutos después. El inicio no fue nada sencillo para el conjunto del Turia, y en enero el equipo se vio eliminado de Champions y muy alejado de los puestos altos en Liga con tan solo 23 puntos debido a los numerosos empates que cosechó fruto del pobre bagaje goleador, a pesar de haberse reforzado precisamente en ese aspecto.
En la temporada 1980/81, el presidente decidió fichar a Johan Cruyff, a pesar de que el equipo estaba realizando una magnífica temporada. El 1 de julio de 2015 el presidente ejecutivo Amadeo Salvo dimitía junto a la dirección deportiva encabezada por Rufete fruto de discrepancias con el técnico Nuno que disponía de la total confianza de Meriton junto a su agente Jorge Mendes. Desde el 16 de octubre de 2015 sirve como el centro de formación de los equipos juveniles del club, junto con una academia de fútbol, ocho nuevos campos de fútbol y una sala polivalente para los jugadores de balonmano y baloncesto. Además, fue uno de los 3 equipos que consiguió empatar al invicto FC Barcelona (1-1 en Mestalla) en la primera vuelta, quien mostró estar en un gran increíble estado de forma con 51 puntos en 19 partidos. La primera mitad de la temporada el equipo termina en un triste 14.º lugar a tan solo 3 puntos del descenso. Tras una primera parte de gran juego al contragolpe con plena efectividad, ganaba ya 0-2 gracias a los goles de Gameiro y Rodrigo -máximo goleador de la competición, junto con Ángel Rodríguez y Toko Ekambi-. Poco más tarde, en concreto el día 11 de junio de 2021, el proyecto entró en plazo de presentación de ofertas a través del Portal de Contratación Electrónica del Ayuntamiento de Almería y, tras 20 días transcurridos y un único proyecto presentado (el de la U.D Almería), el Estadio de los Juegos Mediterráneos pasó a ser propiedad del club almeriensista, haciéndose oficial el día 9 de agosto de 2021 tras la firma de la concesión del estadio por parte del Ayuntamiento de Almería a la U.D.
Esto en parte contribuyó a que «se gestara en la juventud futbolera unas formas de entender el juego con una personalidad propia, que lo iba a caracterizar como un estilo diferente». En el lado opuesto, los únicos equipos que muestran un nivel de capitalización adecuado son el Real Madrid Club de Fútbol, el Sevilla Fútbol Club y el Villarreal Club de Fútbol, puesto que sus fondos propios suponen cerca del 40% de la estructura financiera por lo que en los próximos ejercicios podrían plantearse incrementar su nivel de endeudamiento para intentar favorecer su rentabilidad financiera. La asociación cuenta actualmente con ocho equipos de hombres, un equipo femenino y tres equipos juveniles. A pesar del pobre bagaje el club decidió continuar con Pako Ayestaran al frente del equipo. Junto a él, muchos de los jugadores del equipo se unieron y Marcelino continuó en el cargo de entrenador a pesar de ser profundamente cuestionado.
No disputar competición europea y seguir sin patrocinador en la camiseta forzaba a abaratar el gasto en la plantilla, por ello se vendió a André Gomes y Mustafi, y a finales de verano a Paco Alcácer que pidió ser traspasado al Barcelona. Lim no invirtió más dinero tras haber invertido 100 millones en una ampliación de capital que cubrió completamente, al margen de la compra accionarial. Por otro lado, nuevas promesas se unirían al primer equipo; Mikel San José regresaba al Athletic después de haber estado dos temporadas jugando en el filial del Liverpool FC, el central de 20 años llegaba en calidad de cedido con una opción de compra unilateral de 4 millones, que podría variar según objetivos. En enero, tras un fin de año plagado de lesiones y 3 derrotas en 4 partidos que frenaron en seco a un equipo que acumulaba 8 victorias seguidas, se decidió fichar al delantero argentino Luciano Vietto en calidad de cedido con opción de compra, quien se estrenó en Copa con un gran Hat-trick ante la U. D. Las Palmas (4-0) en Mestalla, y al mediocentro defensivo Francis Coquelin procedente del Arsenal FC, equipacion atletico de madrid 2022 que aportarían al equipo mayores opciones para hacer rotaciones debido al gran número de partidos que se disputan en enero entre Copa y Liga.
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