Fue campeón de esta liga en 1966 pues realizó un gran campeonato en el que venció a casi todos sus competidores tomando rumbo para retornar al fútbol profesional, pero en el Cuadrangular Interligas fue tercero detrás del Independiente Sacachispas del Distrito de Breña (que logró el ascenso a Segunda División) y Deportivo Bancoper de San Isidro. En la Segunda División Peruana 1964 el Atlético Chalaco quedó en tercer lugar, donde el campeón fue el Club Defensor Arica.
